เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบความผิดปกติบริเวณอ่าวโตเกียวของเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งมีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมในระบบ Tokyo Bay Aqua-Line ในเวลาต่อมา แต่เรื่องกลับถูกปกปิด จนกระทั่งหายนะครั้งใหญ่ได้ปะทุรุนแรงขึ้น จากแรงสั่นสะเทือนที่มาพร้อมเสียงคำรามกึกก้องของอสูรกายขนาดมหึมา เริ่มจากชายฝั่งในเขตคามากุระ จังหวัดคานากาว่า ไปจนถึงกรุงโตเกียว เมื่อ “ก็อดซิลล่า” ตัวใหม่ กลับมาปรากฏตัวและทำให้ญี่ปุ่นทั้งเมืองต้องตกอยู่ในความโกลาหลอีกครั้ง มหันตภัยครั้งร้ายแรงของญี่ปุ่นได้เริ่มขึ้นแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นจากหลากหลายหน่วยงาน ร่วมด้วยความช่วยเหลือจากต่างประเทศจะผนึกกำลังกัน เพื่อรับมือและหยุดยั้งความสูญเสียจากการทำลายล้างของสิ่งมีชีวิตสุดน่ากลัวอย่างก็อดซิลล่าหรือโกจิระให้จงได้